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![chemstation's profile picture. Chem-Station（ケムステーション；ケムステ）は日本最大化学ポータルサイト。化学の話題をつぶやきます。化学好きの方フォローお願い致します。2017年度日本化学会化学教育賞・2019年文部科学大臣表彰科学技術賞受賞 [化学][ニュース][分子][Chemistry][News][Molecule]](https://pbs.twimg.com/profile_images/1456030429/chemstation_x96.png)
従来のDFT計算より100倍以上高速なのに同等の精度で遷移状態構造探索を行うことができるクラウドベースの無料の計算ツール ColabReaction が東京大学の研究グループから発表されました。 colabreaction.net で誰でも無料で使用可能です。 プレプリント: chemrxiv.org/engage/chemrxi…
The Terada group (A02), in collaboration with Dr. Leow (A02), has developed ColabReaction — a cloud-based tool for accelerated transition state searches using Direct MaxFlux (DMF) and the ML potential (UMA) available at: colabreaction.net preprint: chemrxiv.org/engage/chemrxi…
Microsoft が発表した 機械学習汎関数 Skala の使い方です。PySCF で動かすことができます。 現時点では、限定された用途での使用になってしまうようです。 qiita.com/ComputerChem/i…
遺伝子クラスター内の遺伝子も機能する順番通りに並べて欲しい。植物みたいに遺伝子クラスターと言いつつ違う染色体上にあるのとかもやめて欲しい。もっと可読性を高めて欲しい。
納得。 自分はもう先端プレイヤーでなくなりつつあるなと最近感じる。
我々中年世代は実のところ、先端的なことはわからなくても、人脈やら調整やらの文系的ソフトスキルで食えてしまうと言うことかも知れない。先端プレイヤー権限も適切に移譲しないと、強みを備えた若手を育てるための路線の芽まで摘んでしまうのかも。
ロバストな遷移状態探索法を作っています。 ✅多自由度系・大規模構造変化を伴う反応に対応 ✅既存手法が失敗する反応でも多くのケースで容易に即座に探索可能 ✅ColabReactionにも採用 （左：既存手法、右：開発手法） 既存ソフトでお困りの際はぜひご相談ください🧑💻
Nvidia と Schrödinger の共同研究って強すぎ。アカデミアじゃ太刀打ちできない。
In collaboration with @schrodinger, we present DualBind trained on ToxBench 📚 8,770 ERα AB-FEP predicted complexes (RMSE ≈ 1 kcal mol⁻¹). At last, ML has the signal to learn true binding physics - DualBind already hits r = 0.84 without shortcuts. How could this reshape…
CASP is getting cut by NIH... 😢 (Anyone with extra funds wanna help support perhaps the most important competition of the century?) science.org/content/articl…
先月発表された meta の OMol25 を利用した遷移状態構造探索手法が東大のグループから発表されました。 従来の DFT 計算よりも 100 倍以上早いのに同等の精度(MAE = 1.65 kcal/mol, average RMSD = 0.24 Å)。
The Terada group (A02) developed a novel terpene analysis approach that is high-speed, high-accuracy, and high-resolution by combining the Direct MaxFlux method with machine learning (ML) potentials. chemrxiv.org/engage/chemrxi… DOI:10.26434/chemrxiv-2025-md8k6
Gaussian 正常終了時に表示されるポエムに登場する ZAK とは何者なのでしょうか？ qiita.com/ComputerChem/i…
Ruibo Wu が開発した天然物生合成の "逆合成解析" ツール BioNavi のインストール方法と使い方。 BioNavi は、天然物の生合成経路を予測するための深層学習に基づく新しいツール。Transformer モデルと AND-OR 木に基づいた計画アルゴリズムを組み合わせている。 qiita.com/ComputerChem/i…
ACS Spring 2025 Exhibition にて、Gaussian25 と GaussView7 が年末にリリースされると発表されたそうです。新機能などについてまとめました。 qiita.com/ComputerChem/i…
Gromacs の NNP オプションを有効にして Fedora40 にインストールした際の作業ログ qiita.com/ComputerChem/i…
歪曲・相互作用モデル Distorsion/Interaction-Activation Strain (DIAS) 解析についてまとめました。 qiita.com/ComputerChem/i…
Fedora で作る PC クラスター part2 今回は、LDAP、SSSD、Slurm の設定 qiita.com/ComputerChem/i…
GROMACS v. 2025.1 で、Neural Network Potentials (NNP)がサポートされ、NNP/MM 計算が実行可能になったそうです。
GROMACS v. 2025.1 brings an exciting new feature: Neural Network Potentials (NNP)! This version introduces the ability to run simulations using machine learning models trained in PyTorch, integrating ML-driven potentials into Molecular Dynamics.
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